In der anthroposophischen Naturheilkunde werden Arzneimittel mineralischen (z.B. Quarz, Kalk), pflanzlichen (z.B. Ackerschachtelhalm, Farne), metallischen (z.B. Eisen, Zinn) und tierischen (z.B. Ameise, Organextrakte von Säugetieren) Ausgangsstoffen verwendet.
Im Gegensatz zu homöopathischen Einzelmitteln oder auch Komplexpräperaten sind anthroposophische Arzneimittel allseitig orientiert und komponiert. d.h. es können sowohl hömöopathisch potenzierte als auch pflanzliche konzentrierte Einzel-oder auch komplex zusammengesetzte Mittel in genau ausgewählten Anteilen enthalten sein.
Darüber hinaus gibt es auch Besonderheiten wie Metallspiegelsubstanzen oder auch vegetabilisierte Metalle (Pflanzen, die mit Metallen gedüngt wurden).
Die Auswahl des richtigen Mittels ist sowohl krankheits -als auch patientenorientiert. Dabei wird bei der Entscheidungfindung vor allem auf die Kräfte, die die Beschwerden verursachen, im falschen Maß, zur falschen Zeit, am falschen Ort eingegangen. Läuft die Erkrankung im Bereich gestörter Organfunktionen (physiologische Ebene), auf seelische Ebene (psychisch) oder auf anatomischer Ebene (strukturelle Organveränderungen) ab.
Hierbei werden auch biographische Aspekte genau betrachtet, um den Rhythmus und die Entwicklungsphasen des Einzelnen mit einzubeziehen. Neben der Arzneimittelwahl hat in der Anthroposophischen Naturheilkunde der Einsatz von Wickeln, Einreibungen, Umschlägen, Bäder, Inhalationen und auch Injektionen einen hohen Stellenwert.